嗜酸乳杆菌基因组dna提取方法比较
嗜酸乳杆菌（Lactobacillus acidophilus）属于乳杆菌属，革兰氏阳性杆菌，是食品工业中常用的发酵剂。目前在其基因组DNA提取时多采用试剂盒法提取，但其成本要远远高于酚氯仿抽提法，文章根据两种提取方法设计两组实验，通过对核酸产物进行DNA纯度测定、浓度评估，并对照后续建库结果，探究两种提取方法的优劣。结果显示酚氯仿抽提法所提取的DNA与试剂盒法纯度及得率均有不同，而就得率来看投入量相同时酚氯仿抽提法所提取的DNA总量明显高于试剂盒法；而就纯度来看试剂盒法所提取的DNA杂质明显少于酚氯仿抽提法。
目录
摘要 3
关键词 3
Abstract 3
Key words 3
引言 4
1 材料与方法 5
1.1 实验材料与设备 5
1.1.1 实验材料 5
1.1.2 实验设备 5
1.2 实验方法 5
1.2.1 酚氯仿抽提法 5
1.2.2 试剂盒法（细菌基因组DNA提取试剂盒，天根DP302） 5
1.2.3 重复实验 6
1.3 提取DNA 样本的检测 6
1.3.1样本DNA 的纯度检测 6
1.3.2凝胶电泳检测 6
1.3.3文库构建（VAHTSTM Universal DNA Library Prep Kit for Illumina? 诺唯赞ND604） 6
2 结果与分析 7
2.1 One Drop 检测结果分析 7
2.2 凝胶电泳检测结果分析 8
2.3 建库结果检测 9
2.3.1 Qubit荧光定量检测 9
2.3.2 2100 DNA1000高敏片段检测 11
3 讨论 18
4 结论 18
5 展望 18
致谢 18
参考文献 19
嗜酸乳杆菌基因组DNA提取方法比较
引言
引言
嗜酸乳杆菌是人体肠道内重要的益生菌之一[1]，当人体肠道内具有一定量的活菌时，可 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ^351916072^
以起到维护肠道健康和保持菌群平衡的重要作用[2,3]。大量科学研究证明，嗜酸乳杆菌具有改善肠道菌群平衡，增强机体免疫力，降低血清胆固醇[4]，缓解乳糖不耐症等功能，随着嗜酸乳杆菌越来越多的功能被发现，其开始广泛用于食品生产，如嗜酸乳杆菌发酵干酪、嗜酸乳杆菌发酵乳、嗜酸乳杆菌与其他菌种混合发酵的乳制品、保健奶片等[5,6]，是目前乳酸菌家族中极为重视研究与开发的益生菌之一,被视为第三代酸乳发酵剂菌种。随着国内外众多学者对嗜酸乳杆菌的生物学特性、生理功能特性及应用等方面研究的不断深入,人们越来越认识到嗜酸乳杆菌的益生特性，对其生理功能及作用机制也进行了比较全面和深入的研究。而基因组DNA提取是对其生理功能和作用机制研究的基础，基因组DNA提取效率和质量对分子生物学相关研究起着关键的作用。嗜酸乳杆菌属于乳杆菌属，革兰氏阳性杆菌，革兰氏阳性细菌细胞壁是由一层厚且致密的肽聚糖和磷壁酸组成，而肽聚糖的肽链通过5个甘氨酸互相交联着，不易裂解，厚且致密的细胞壁对提取嗜酸乳杆菌基因组DNA造成了一定的困难[7]。作为分子生物学研究的基础，细菌样品中基因组DNA的浓度、纯度对后续PCR的效果会产生较大影响，更影响着QPCR的准确性[8]。张涛涛等[9]的研究也表明不同的DNA提取方法对基因组DNA的质量、得率以及后续PCR扩增效果影响显著，因此，选用适宜的DNA提取方法对研究至关重要。为保证后续实验顺利开展，不但要考虑DNA提取得率，还要尽可能地减少DNA的降解[10]，并保证不同批次DNA提取效率和质量的一致。本文用酚氯仿抽提法和试剂盒法（细菌基因组DNA提取试剂盒，天根DP302）两种不同的提取方法对嗜酸乳杆菌的基因组DNA进行提取，并利One Drop、琼脂糖凝胶成像检测其提取DNA的得率及纯度[11]，将提取的DNA进行文库构建，用Qubit荧光定量及2100 DNA1000高敏片段检测测定文库质量，探究不同提取方式对后续实验的影响，以期为嗜酸乳杆菌的分子生物学研究提供参考。
1 材料与方法
1.1实验材料与设备
1.1.1实验材料
菌种：嗜酸乳杆菌
实验试剂：LB液体培养液，核糖核酸酶，TEG缓冲液，碱裂解液：0.2mol/L NaOH,1%SDS，乙酸钾溶液、乙酸钠溶液，溶菌酶溶液，丙酮溶液，引物，QPCR Master Mix，DEPC水，DDW，异丙醇，无水乙醇，饱和酚，氯仿，醋酸钠异戊醇，琼脂糖，EB染液，DAN clean beads，80％乙醇，细菌基因组DNA提取试剂盒（天跟DP302），VAHTSTM Universal DNA Library Prep Kit for Illumina?（DNA小片段建库试剂盒），Qubit?3.0荧光染料，Loading，Maker。
实验耗材：移液器一套，1.5ml离心管孔板，0.2ml 离心管孔板，50 ml试管架，RNasefree枪头，RNasefree 1.5ml 离心管、RNasefree 0.5ml离心管，PCR八连排管，冰盒。
1.1.2实验设备
高速冷冻离心机，Qubit?3.0荧光定量仪，OneDrop，电泳仪，凝胶成像仪，通风厨，超净工作台，PCR，2100，37℃恒温培养箱，超声波震荡仪。
1.2 实验方法
1.2.1酚氯仿抽提法[12,13]：做4份平行试验，每份取1ml对数期菌液（3.5*108），用SDS裂解[14]，酚氯仿反复抽提，异丙醇沉淀核酸，80%冷乙醇洗涤，溶于50ul TE
（1）将嗜酸乳杆菌接种于LB培养基在37℃环境下，以150r/min震荡过夜培养。
（2）取1ml对数期菌液，12000rpm 5min；做4份平行试验
目录
摘要 3
关键词 3
Abstract 3
Key words 3
引言 4
1 材料与方法 5
1.1 实验材料与设备 5
1.1.1 实验材料 5
1.1.2 实验设备 5
1.2 实验方法 5
1.2.1 酚氯仿抽提法 5
1.2.2 试剂盒法（细菌基因组DNA提取试剂盒，天根DP302） 5
1.2.3 重复实验 6
1.3 提取DNA 样本的检测 6
1.3.1样本DNA 的纯度检测 6
1.3.2凝胶电泳检测 6
1.3.3文库构建（VAHTSTM Universal DNA Library Prep Kit for Illumina? 诺唯赞ND604） 6
2 结果与分析 7
2.1 One Drop 检测结果分析 7
2.2 凝胶电泳检测结果分析 8
2.3 建库结果检测 9
2.3.1 Qubit荧光定量检测 9
2.3.2 2100 DNA1000高敏片段检测 11
3 讨论 18
4 结论 18
5 展望 18
致谢 18
参考文献 19
嗜酸乳杆菌基因组DNA提取方法比较
引言
引言
嗜酸乳杆菌是人体肠道内重要的益生菌之一[1]，当人体肠道内具有一定量的活菌时，可 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ^351916072^
以起到维护肠道健康和保持菌群平衡的重要作用[2,3]。大量科学研究证明，嗜酸乳杆菌具有改善肠道菌群平衡，增强机体免疫力，降低血清胆固醇[4]，缓解乳糖不耐症等功能，随着嗜酸乳杆菌越来越多的功能被发现，其开始广泛用于食品生产，如嗜酸乳杆菌发酵干酪、嗜酸乳杆菌发酵乳、嗜酸乳杆菌与其他菌种混合发酵的乳制品、保健奶片等[5,6]，是目前乳酸菌家族中极为重视研究与开发的益生菌之一,被视为第三代酸乳发酵剂菌种。随着国内外众多学者对嗜酸乳杆菌的生物学特性、生理功能特性及应用等方面研究的不断深入,人们越来越认识到嗜酸乳杆菌的益生特性，对其生理功能及作用机制也进行了比较全面和深入的研究。而基因组DNA提取是对其生理功能和作用机制研究的基础，基因组DNA提取效率和质量对分子生物学相关研究起着关键的作用。嗜酸乳杆菌属于乳杆菌属，革兰氏阳性杆菌，革兰氏阳性细菌细胞壁是由一层厚且致密的肽聚糖和磷壁酸组成，而肽聚糖的肽链通过5个甘氨酸互相交联着，不易裂解，厚且致密的细胞壁对提取嗜酸乳杆菌基因组DNA造成了一定的困难[7]。作为分子生物学研究的基础，细菌样品中基因组DNA的浓度、纯度对后续PCR的效果会产生较大影响，更影响着QPCR的准确性[8]。张涛涛等[9]的研究也表明不同的DNA提取方法对基因组DNA的质量、得率以及后续PCR扩增效果影响显著，因此，选用适宜的DNA提取方法对研究至关重要。为保证后续实验顺利开展，不但要考虑DNA提取得率，还要尽可能地减少DNA的降解[10]，并保证不同批次DNA提取效率和质量的一致。本文用酚氯仿抽提法和试剂盒法（细菌基因组DNA提取试剂盒，天根DP302）两种不同的提取方法对嗜酸乳杆菌的基因组DNA进行提取，并利One Drop、琼脂糖凝胶成像检测其提取DNA的得率及纯度[11]，将提取的DNA进行文库构建，用Qubit荧光定量及2100 DNA1000高敏片段检测测定文库质量，探究不同提取方式对后续实验的影响，以期为嗜酸乳杆菌的分子生物学研究提供参考。
1 材料与方法
1.1实验材料与设备
1.1.1实验材料
菌种：嗜酸乳杆菌
实验试剂：LB液体培养液，核糖核酸酶，TEG缓冲液，碱裂解液：0.2mol/L NaOH,1%SDS，乙酸钾溶液、乙酸钠溶液，溶菌酶溶液，丙酮溶液，引物，QPCR Master Mix，DEPC水，DDW，异丙醇，无水乙醇，饱和酚，氯仿，醋酸钠异戊醇，琼脂糖，EB染液，DAN clean beads，80％乙醇，细菌基因组DNA提取试剂盒（天跟DP302），VAHTSTM Universal DNA Library Prep Kit for Illumina?（DNA小片段建库试剂盒），Qubit?3.0荧光染料，Loading，Maker。
实验耗材：移液器一套，1.5ml离心管孔板，0.2ml 离心管孔板，50 ml试管架，RNasefree枪头，RNasefree 1.5ml 离心管、RNasefree 0.5ml离心管，PCR八连排管，冰盒。
1.1.2实验设备
高速冷冻离心机，Qubit?3.0荧光定量仪，OneDrop，电泳仪，凝胶成像仪，通风厨，超净工作台，PCR，2100，37℃恒温培养箱，超声波震荡仪。
1.2 实验方法
1.2.1酚氯仿抽提法[12,13]：做4份平行试验，每份取1ml对数期菌液（3.5*108），用SDS裂解[14]，酚氯仿反复抽提，异丙醇沉淀核酸，80%冷乙醇洗涤，溶于50ul TE
（1）将嗜酸乳杆菌接种于LB培养基在37℃环境下，以150r/min震荡过夜培养。
（2）取1ml对数期菌液，12000rpm 5min；做4份平行试验
版权保护: 本文由 hbsrm.com编辑，转载请保留链接: www.hbsrm.com/swgc/spkxygc/275.html
