一株鞘氨醇单胞菌的初步鉴定一株鞘氨醇单胞菌的初步鉴定【字数：10279】
在模拟土壤环境的加土WSA培养基上分离纯化培养得到一株新型菌株FZ，它的菌落表现出黄色，圆形，全缘，表面光滑且凸起，直径大约在1-5mm的形态特征，它的细胞表现为杆状，有鞭毛的形态特征。实验表明未知菌株FZ是革兰氏阴性杆菌，不能水解淀粉，不能液化明胶，VP 实验阳性，接触酶实验阳性。菌株FZ的16S rRNA基因与其最相邻的Sphingomonas koreensis的相似度为97.44%。根据以上实验所得到的数据，初步鉴定未知菌株FZ是属于鞘氨醇单胞菌属 (Sphingomonas)的一个新种，并将其命名为Sphingomonas sp.FZ。针对其最适生长条件进行了优化，最适培养基为NA培养基，最适温度是28-30℃，最适pH是7.0-7.5，最适碳源是蔗糖，最适氮源是蛋白胨，无氯化钠耐受性，最适接种量为10%，此外还阐述了它可能存在的应用方面与研究方面的意义。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言（或绪论）1
1 材料与方法2
1.1 供试菌株 2
1.2 培养基与试剂 2
1.2.1 培养基2
1.2.2 试剂2
1．3 实验步骤 3
1．3．1 土壤采样3
1.3.2 平板计数3
1．3．3 筛选合适菌株3
1．3．4 命名新型菌株并对其进行系统发育分析4
1．3．5 新菌生理生化指标鉴定 4
1．3．6 优化新菌的最适生长环境5
1．3．7 新菌的代谢产物分析与利用5
2 结果与分析 5
2．1 菌株16S rRNA的测定与系统进化树的构建5
2．1．1 菌株16S rRNA的测定结果 5
2．1．2 系统进化树的构建6
2． 2 形态观察7
2． 3 生理生化指标鉴定8
2．3．1 革兰氏染色8
2．3．2 淀粉水解实验8
2．3．3 乙酰甲基甲醇（VP）实验9
2．3．4 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: #351916072#
明胶液化实验9
2．3．5 接触酶实验 10
2．4 最适培养基优化10
2．4．1 最适生长温度的测定10
2．4．2 最适生长pH的测定11
2．4．3 最适碳源的测定 11
2．4．4 最适氮源的测定 12
2．4．5 氯化钠耐受性测定 12
2．4．6 最适接种量的测定 12
2．5 和模式菌株的表型特征差异13
3 讨论 13
3．1 实验菌种不具NaCl耐受 13
3．2 实验菌种的分类鉴定 13
3．3 鞘氨醇单胞菌属潜在的应用价值14
致谢14
参考文献15
一株鞘氨醇单胞菌的初步鉴定
引言
引言
评价土壤环境质量中最重要的生物学指标是土壤微生物。土壤微生物的种类组成复杂，数量也非常庞大[1]。研究土壤微生物对于环境污染评估、污染治理、环境修复、提高农作物的收获量和质量等方面都具有一定的现实意义。现今研究因为实验室科学水平的制约，人类对所有微生物认识不足，很难用纯培养技术来分离和培养世界上的大部分微生物。未培养微生物就是指这部分微生物[2]。土壤中存在着大量未培养微生物。1982年，Colwell等人第一次定义了未培养微生物的概念。1997年，“至今未培养微生物”由 Felske等人定义为：可以通过分子生物学方法检测，但不能在人工条件下获得纯培养的微生物，包括已经纯培养但难以在正常实验室环境条件下生长，保持休眠状态的微生物[2]。研究表明，未培养微生物难以在实验室培养环境中生长的原因主要是：由于对于目标培养物的生理生化活性及新陈代谢途径了解的不足，而导致的所提供的培养条件与最佳生长条件有偏差，这些偏差就是未培养微生物培养的限制性因素[2,3,4]。据有关资料显示，可培养性并不属于微生物的特性。换句话说，细胞是否可培养取决于培养方法是否适宜。已有研究表明，未培养微生物在全部微生物占比达到百分之99[2]。研究未培养微生物的最主要目的是为了将未培养微生物转化成为可培养培养物。这一过程就为新型菌种的筛选、分离和培养奠定基础。
本实验就是筛选分离纯化出土壤微生物中的一种未培养微生物——一株鞘氨醇单胞菌Sphingomonas sp.FZ，并初步鉴定它的遗传学分类地位、形态特征、生理生化指标等特性。微生物学不仅仅要研究微生物的遗传学内容，也要研究微生物的形态，生理以及生态功能等众多方面。面对分离培养得到的未知新型菌种，需要微生物分类鉴定技术来鉴定判别它的具体种属。分类鉴定技术主要可以划分为两部分，分别是进行表型鉴定的传统方法和依靠分子生物学基于核酸分析水平的鉴定技术[3]。传统的表型鉴定方法包括基于经典特征来鉴定微生物物种的各种方法，例如形态特征，生理和生化指标，生态学特征和血清学反应[3]。在这其中的生理生化指标的测定对于勾勒微生物本身的特性和其生长所需要的外界条件有着重要意义。这是因为不同的微生物拥有各自的生物酶系统，不同的微生物也有不同的新陈代谢模式，例如，不同的微生物具有不同的分解大分子糖和蛋白质的途径和得到不同的最终分解代谢产物的能力，这就具体反应在生理生化实验测定时的结果不同。常见的一些生理生化指标的测定方法有[3]：革兰氏染色法，碳水化合物的代谢试验，最适生长温度，pH耐受范围和最适pH，淀粉水解测定，抗生素敏感测定，耐盐性，甲基红（MR）试验，乙酰甲基甲醇（VP）实验，硫化氢试验，石蕊牛乳试验，吲哚试验，硝酸盐还原试验等。依靠分子生物学基于核酸分析水平的鉴定技术拥有简单快捷、查询高效、结果准确可靠的优点，主要包括有：测定DNA 碱基比例值、核酸杂交和核酸序列分析等[5,6]。在这之中DNA碱基比例是指DNA中的(G+C)mol%，即DNA的鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）在总碱基数中所占的摩尔百分比；核酸杂交原理是通过碱基互补配对进行分子杂交，根据杂交信号进行定性的对比鉴别，又可细分为原位杂交技术、斑点杂交技术、DNA印迹技术、RNA印迹技术等；核酸序列分析即16S rRNA基因序列分析，普遍认为，判断为同一个种的依据是16Sr RNA基因序列的比对结果呈现出相似性在97%之上。
在鉴别出新型菌种的遗传学分类地位与基础的生理生化指标的测定之后，如果新型菌种具有一定的经济应用效益（如乳酸菌用于制造酸奶）、环保应用价值（如某些厌氧菌处理工业废水）或者是学术研究价值（如古细菌研究遗传进化），为了在未来大量培养与利用新型菌种的目的来优化目前所提供给菌株的生长培养环境，通过不断更改培养条件来探寻其最适宜的生长环境，比如更改培养基的营养成分，提供某些微生物所需要的生长因子，适当延长培养时间，稀释分散培养，高通量培养等以期待获得未来菌种实际投入应用时的最大回报。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言（或绪论）1
1 材料与方法2
1.1 供试菌株 2
1.2 培养基与试剂 2
1.2.1 培养基2
1.2.2 试剂2
1．3 实验步骤 3
1．3．1 土壤采样3
1.3.2 平板计数3
1．3．3 筛选合适菌株3
1．3．4 命名新型菌株并对其进行系统发育分析4
1．3．5 新菌生理生化指标鉴定 4
1．3．6 优化新菌的最适生长环境5
1．3．7 新菌的代谢产物分析与利用5
2 结果与分析 5
2．1 菌株16S rRNA的测定与系统进化树的构建5
2．1．1 菌株16S rRNA的测定结果 5
2．1．2 系统进化树的构建6
2． 2 形态观察7
2． 3 生理生化指标鉴定8
2．3．1 革兰氏染色8
2．3．2 淀粉水解实验8
2．3．3 乙酰甲基甲醇（VP）实验9
2．3．4 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: #351916072#
明胶液化实验9
2．3．5 接触酶实验 10
2．4 最适培养基优化10
2．4．1 最适生长温度的测定10
2．4．2 最适生长pH的测定11
2．4．3 最适碳源的测定 11
2．4．4 最适氮源的测定 12
2．4．5 氯化钠耐受性测定 12
2．4．6 最适接种量的测定 12
2．5 和模式菌株的表型特征差异13
3 讨论 13
3．1 实验菌种不具NaCl耐受 13
3．2 实验菌种的分类鉴定 13
3．3 鞘氨醇单胞菌属潜在的应用价值14
致谢14
参考文献15
一株鞘氨醇单胞菌的初步鉴定
引言
引言
评价土壤环境质量中最重要的生物学指标是土壤微生物。土壤微生物的种类组成复杂，数量也非常庞大[1]。研究土壤微生物对于环境污染评估、污染治理、环境修复、提高农作物的收获量和质量等方面都具有一定的现实意义。现今研究因为实验室科学水平的制约，人类对所有微生物认识不足，很难用纯培养技术来分离和培养世界上的大部分微生物。未培养微生物就是指这部分微生物[2]。土壤中存在着大量未培养微生物。1982年，Colwell等人第一次定义了未培养微生物的概念。1997年，“至今未培养微生物”由 Felske等人定义为：可以通过分子生物学方法检测，但不能在人工条件下获得纯培养的微生物，包括已经纯培养但难以在正常实验室环境条件下生长，保持休眠状态的微生物[2]。研究表明，未培养微生物难以在实验室培养环境中生长的原因主要是：由于对于目标培养物的生理生化活性及新陈代谢途径了解的不足，而导致的所提供的培养条件与最佳生长条件有偏差，这些偏差就是未培养微生物培养的限制性因素[2,3,4]。据有关资料显示，可培养性并不属于微生物的特性。换句话说，细胞是否可培养取决于培养方法是否适宜。已有研究表明，未培养微生物在全部微生物占比达到百分之99[2]。研究未培养微生物的最主要目的是为了将未培养微生物转化成为可培养培养物。这一过程就为新型菌种的筛选、分离和培养奠定基础。
本实验就是筛选分离纯化出土壤微生物中的一种未培养微生物——一株鞘氨醇单胞菌Sphingomonas sp.FZ，并初步鉴定它的遗传学分类地位、形态特征、生理生化指标等特性。微生物学不仅仅要研究微生物的遗传学内容，也要研究微生物的形态，生理以及生态功能等众多方面。面对分离培养得到的未知新型菌种，需要微生物分类鉴定技术来鉴定判别它的具体种属。分类鉴定技术主要可以划分为两部分，分别是进行表型鉴定的传统方法和依靠分子生物学基于核酸分析水平的鉴定技术[3]。传统的表型鉴定方法包括基于经典特征来鉴定微生物物种的各种方法，例如形态特征，生理和生化指标，生态学特征和血清学反应[3]。在这其中的生理生化指标的测定对于勾勒微生物本身的特性和其生长所需要的外界条件有着重要意义。这是因为不同的微生物拥有各自的生物酶系统，不同的微生物也有不同的新陈代谢模式，例如，不同的微生物具有不同的分解大分子糖和蛋白质的途径和得到不同的最终分解代谢产物的能力，这就具体反应在生理生化实验测定时的结果不同。常见的一些生理生化指标的测定方法有[3]：革兰氏染色法，碳水化合物的代谢试验，最适生长温度，pH耐受范围和最适pH，淀粉水解测定，抗生素敏感测定，耐盐性，甲基红（MR）试验，乙酰甲基甲醇（VP）实验，硫化氢试验，石蕊牛乳试验，吲哚试验，硝酸盐还原试验等。依靠分子生物学基于核酸分析水平的鉴定技术拥有简单快捷、查询高效、结果准确可靠的优点，主要包括有：测定DNA 碱基比例值、核酸杂交和核酸序列分析等[5,6]。在这之中DNA碱基比例是指DNA中的(G+C)mol%，即DNA的鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）在总碱基数中所占的摩尔百分比；核酸杂交原理是通过碱基互补配对进行分子杂交，根据杂交信号进行定性的对比鉴别，又可细分为原位杂交技术、斑点杂交技术、DNA印迹技术、RNA印迹技术等；核酸序列分析即16S rRNA基因序列分析，普遍认为，判断为同一个种的依据是16Sr RNA基因序列的比对结果呈现出相似性在97%之上。
在鉴别出新型菌种的遗传学分类地位与基础的生理生化指标的测定之后，如果新型菌种具有一定的经济应用效益（如乳酸菌用于制造酸奶）、环保应用价值（如某些厌氧菌处理工业废水）或者是学术研究价值（如古细菌研究遗传进化），为了在未来大量培养与利用新型菌种的目的来优化目前所提供给菌株的生长培养环境，通过不断更改培养条件来探寻其最适宜的生长环境，比如更改培养基的营养成分，提供某些微生物所需要的生长因子，适当延长培养时间，稀释分散培养，高通量培养等以期待获得未来菌种实际投入应用时的最大回报。
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