菊花茎叶性状分子标记关联分析
本文旨在寻找与菊花茎叶性状相关联的分子标记，为菊花复杂数量性状的研究以及分子标记辅助选择育种奠定基础。采集切花菊自然群体代表性品种92个，进行连续两年对切花菊茎叶性状表型数据统计，借助已有的SRAP和筛选的SCoT分子标记进行全基因组水平扫描，采用STRUCTURE和TASSEL等软件进行群体结构和连锁不平衡水平分析。研究结果表明92个切花菊品种间差异较大，遗传相似性系数范围为0.1486- 0.3406，平均遗传相似性系数为0.2628，具有较好的材料多样性。群体结构分析将92份材料分为4个亚群。采用TASSEL软件的GLM（general linear model）方法进行标记与茎叶性状的关联分析，发现30个标记与5个茎叶性状显著相关联（P<0.01）。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言1
1.材料与方法 2
1.1 实验材料2
1.2方法2
1.2.1田间试验与表型性状分析2
1．2．2 DNA的提取2
1．2．3 SCoT标记的多态性引物筛选 2
1．3 数据统计与结果分析2
1．3. 1 茎叶性状表型数据分析2
1．3. 2 标记多态性与遗传多样性分析 3
1．3. 3 切花菊群体结构分析3
1．3. 4 关联分析 3
2 结果与分析 3
2．1 切花菊茎叶性状变异特征 3
2．2 引物多态性 3
2．3 群体结构特征 6
2．4 关联分析 7
2．4. 1 连锁不平衡分析 7
2．4. 2 与茎叶性状相关联的标记8
3.讨论 9
3.1 菊花群体结构分析 9
3.2 与表型性状相关联的分子标记位点 9
3.3 关联分析与连锁作图 9
4.致谢 10
5.参考文献10
菊花茎叶性状分子标记关联分析
园艺学院 孙立华
引言
引言：菊 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ^351916072^
花是中国传统名花，深受人们喜爱[1]。是世界四大切花之一，也是重要的盆花、地被花卉[2]。由于菊花遗传背景复杂以及传统数量性状分析方法存在一定的局限性，菊花重要观赏性状相关分子遗传机制一直是国内外研究的难点，相应优异基因资源挖掘和育种工作严重滞后。然而，关联分析则为菊花复杂性状的研究带来了新的曙光。大多数农作物的产量、品质、抗逆性等都是数量性状，研究数量性状对农作物的改良具有重要意义。利用覆盖全基因组的分子标记连锁图和合适的分离群体进行连锁分析是目前植物数量性状研究的主要方法[3]。近年，植物分子遗传学家开发了一系列统计方法来检测群体内个体间亲缘关系和校正群体结构[4]，使得关联分析在复杂群体中的应用成为可能。 SCoT分子标记是从水稻提出的一种基于单引物扩增反应分子标记[5]。其原理是根据植物基因中的ATG翻译启始位点侧翼序列的保守型，设计单引物并对单引物进行基因扩增，产生偏向候选功能基因区显性多态性标记，并且操作简单，多态性丰富，已成功用于龙眼等园艺作物[6]。分子标记技术已成功应用于菊花的起源研究、品种鉴定和遗传多样性分析等领域[7]。赵静媛等利用地被菊和盆栽小菊的杂交F1代群体，通过集团分离分析（bulked segregant analysis ,BSA）法寻找到与菊花匍匐性显著相关的RAPD标记[8]。Zhang等根据“双假测交”作图策略，利用两个高度杂合的盆栽菊花品种作为亲本，将其杂交F1代作为作图群体，使用RAPD、ISSR、AFLP和SRAP等分子标记成功构建了双亲的遗传连锁图谱，并筛选出了与菊花初花期和开花持续相关的SRAP标记，还对花径、舌状花数等花器性状进行了数量性状位点（QTL）定位[9]。利用分子标记与数量性状位点（QTL）间的紧密连锁关系对目标性状进行辅助选择已成为数量性状的研究重点之一。利用覆盖全基因的分子标记和合适的分离群体开展覆盖全基因组的分子标记和合适的分离群体开展遗传连锁作图是目前植物数量性状研究的主要方法[10]。关联分析又称关联作图或者连锁不平衡作图曾广泛用于人类遗传学研究，是一种研究复杂数量性状的遗传学方法[11]。与传统的连锁作图相比，关联分析有以下优点：以自然群体为材料，无需构建作图群体；可以同时检测同一座 位的多个等位基因，而连锁作图只能涉及来自亲本的 2 个等位基因；广泛的遗传材料可同时考察多个性状的大多数 QTL 的关联位点及其等位变异，不受连锁作图中两亲本范围及群体分离情况的限制[1215]。本研究以代表性切花菊品种的自然群体为研究对象，采集连续两年的菊花茎叶观赏性状表型数据，同时通过分子标记与观赏性状的关联分析，进一步挖掘与相关性状相关联的分子标记位点，为切花菊茎叶性状分子标记辅助选择和优异等位基因的挖掘奠定基础。
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摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言1
1.材料与方法 2
1.1 实验材料2
1.2方法2
1.2.1田间试验与表型性状分析2
1．2．2 DNA的提取2
1．2．3 SCoT标记的多态性引物筛选 2
1．3 数据统计与结果分析2
1．3. 1 茎叶性状表型数据分析2
1．3. 2 标记多态性与遗传多样性分析 3
1．3. 3 切花菊群体结构分析3
1．3. 4 关联分析 3
2 结果与分析 3
2．1 切花菊茎叶性状变异特征 3
2．2 引物多态性 3
2．3 群体结构特征 6
2．4 关联分析 7
2．4. 1 连锁不平衡分析 7
2．4. 2 与茎叶性状相关联的标记8
3.讨论 9
3.1 菊花群体结构分析 9
3.2 与表型性状相关联的分子标记位点 9
3.3 关联分析与连锁作图 9
4.致谢 10
5.参考文献10
菊花茎叶性状分子标记关联分析
园艺学院 孙立华
引言
引言：菊 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ^351916072^
花是中国传统名花，深受人们喜爱[1]。是世界四大切花之一，也是重要的盆花、地被花卉[2]。由于菊花遗传背景复杂以及传统数量性状分析方法存在一定的局限性，菊花重要观赏性状相关分子遗传机制一直是国内外研究的难点，相应优异基因资源挖掘和育种工作严重滞后。然而，关联分析则为菊花复杂性状的研究带来了新的曙光。大多数农作物的产量、品质、抗逆性等都是数量性状，研究数量性状对农作物的改良具有重要意义。利用覆盖全基因组的分子标记连锁图和合适的分离群体进行连锁分析是目前植物数量性状研究的主要方法[3]。近年，植物分子遗传学家开发了一系列统计方法来检测群体内个体间亲缘关系和校正群体结构[4]，使得关联分析在复杂群体中的应用成为可能。 SCoT分子标记是从水稻提出的一种基于单引物扩增反应分子标记[5]。其原理是根据植物基因中的ATG翻译启始位点侧翼序列的保守型，设计单引物并对单引物进行基因扩增，产生偏向候选功能基因区显性多态性标记，并且操作简单，多态性丰富，已成功用于龙眼等园艺作物[6]。分子标记技术已成功应用于菊花的起源研究、品种鉴定和遗传多样性分析等领域[7]。赵静媛等利用地被菊和盆栽小菊的杂交F1代群体，通过集团分离分析（bulked segregant analysis ,BSA）法寻找到与菊花匍匐性显著相关的RAPD标记[8]。Zhang等根据“双假测交”作图策略，利用两个高度杂合的盆栽菊花品种作为亲本，将其杂交F1代作为作图群体，使用RAPD、ISSR、AFLP和SRAP等分子标记成功构建了双亲的遗传连锁图谱，并筛选出了与菊花初花期和开花持续相关的SRAP标记，还对花径、舌状花数等花器性状进行了数量性状位点（QTL）定位[9]。利用分子标记与数量性状位点（QTL）间的紧密连锁关系对目标性状进行辅助选择已成为数量性状的研究重点之一。利用覆盖全基因的分子标记和合适的分离群体开展覆盖全基因组的分子标记和合适的分离群体开展遗传连锁作图是目前植物数量性状研究的主要方法[10]。关联分析又称关联作图或者连锁不平衡作图曾广泛用于人类遗传学研究，是一种研究复杂数量性状的遗传学方法[11]。与传统的连锁作图相比，关联分析有以下优点：以自然群体为材料，无需构建作图群体；可以同时检测同一座 位的多个等位基因，而连锁作图只能涉及来自亲本的 2 个等位基因；广泛的遗传材料可同时考察多个性状的大多数 QTL 的关联位点及其等位变异，不受连锁作图中两亲本范围及群体分离情况的限制[1215]。本研究以代表性切花菊品种的自然群体为研究对象，采集连续两年的菊花茎叶观赏性状表型数据，同时通过分子标记与观赏性状的关联分析，进一步挖掘与相关性状相关联的分子标记位点，为切花菊茎叶性状分子标记辅助选择和优异等位基因的挖掘奠定基础。
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