萝卜品种遗传多样性的irap分析
本研究根据萝卜基因组中分离得到的Ty1-copia逆转座子逆转录酶序列的保守区域，设计了45条IRAP(inter-retrotransposon amplified polymorphism)引物并在2个萝卜品种中进行了筛选。其中33条引物在萝卜基因组中扩增得到了清晰稳定的多态性条带，依此建立了IRAP标记体系并利用此技术体系对30个萝卜品种的遗传多样性进行了分析。结果表明，在30个萝卜品种中共扩增出了212条多态性条带，每个引物平均产生6.42个位点。统计条带并利用UPGMA法进行聚类分析，30个萝卜品种根据其起源地可以分为5类，其中20个属于栽培种的萝卜品种被聚为一类。MCID图(manual cultivar identification diagram)表明利用7个多态性IRAP引物可以将30个萝卜品种完全的区分开来，表明该标记体系能有效检测萝卜不同类型材料间的多态性，可以用于萝卜亲缘关系及遗传多样性的分析。
目录
摘要 1
关键词 1
Abstract 1
Key words 1
引言 1
1 材料与方法 2
1．1 材料 2
1．2 方法 3
1.2.1 基因组DNA提取 3
1.2.2 引物设计及筛选 4
1.2.3 PCR反应及扩增产物检测 4
1.2.4 数据处理及统计分析 4
2 结果与分析 4
2．1 引物筛选及条带多态性分析 4
2．2 IRAP聚类分析 7
2．3 MCID图分析 7
3 讨论 8
3．1 IRAP引物设计 8
3．2 萝卜种质遗传多样性与亲缘关系 9
3．3 萝卜MCID图分析 9
致谢 9
参考文献： 9
萝卜品种遗传多样性的IRAP分析
引言
萝卜（Raphanus sativus L.）又名莱菔，十字花科萝卜属蔬菜作物，其分布范围较广，种植历史悠久，种质资源非常丰富[1]。近年来，利用分子标记方法分析萝卜种质资源遗传多样性 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ^351916072#
的研究已经取得了较大进展，相关的分子标记手段有AFLP(amplified fragment length polymorphism)[2],SRAP(sequence—related amplified polymorphism)[3],RAPD((random amplified polymorphic DNA)[4]。为了更加深入的研究萝卜种间及种内的遗传关系，高通量的分子标记需要被发开和利用。尽管基于逆转座子的分子标记已经在很多物种中被报道，萝卜中关于IRAP相关的研究尚未见报道。
目前，分子标记的已经广泛利用于植物遗传多样性分析、遗传连锁图谱的构建[5]、系统发育研究[6]及基因表达中[7]。逆转座子在植物基因组中广泛存在，它可以在物种内或物种间表现出插入多态性，具有较高活性的逆转座子甚至能够在基因组中制造新的插入位点[8]。逆转座子遍布整个植物基因组的特性使得基于基于逆转座子开发的分子标记具有高多态性，高信息量[9]。近年来，基于逆转座子的分子标记已经成为研究植物基因表达的一类重要的技术手段，如基因定位和功能基因组学[10]。 IRAP是一类基于植物逆转座子开发的分子标记，最初是在大麦中被开发出来，检测的是逆转座子插入位点间的多态性[11]。与SSAP标记相比较而言，IRAP标记具有明显的操作简单，过程简便等优点，其只需要一个简单的PCR过程。相对于SSAP标记繁琐的酶切过程，IRAP标记只需要一个反向引物即可在植物基因组中表现出多态性[12]。
1 材料与方法
1．1 材料
来源于大学作物遗传与种质创新国家重点实验室萝卜课题组种子资源库的30个萝卜品种（表1）。
编号
品种名
来源
皮色
抽薹
1
‘RG’
中国，南通
白
早
2
‘LLYB’
中国
白
早
3
‘Sharlokhov’
哈萨克斯坦
红
早
4
PI177065
美国
白
中
5
‘Summer Top’
韩国
白
中
6
‘Late Spring Top’
韩国
白
晚
7
PI436536
危地马拉
红
早
8
PI262942
俄罗斯
红、粉红、白
中
9
PI262941
俄罗斯
红紫
中
10
PI109562
美国
红紫
中
11
PI121018
土耳其
紫
中
12
PI140428
伊朗
白
早
13
‘WXQ’
中国
绿
中
14
‘BLACK’
黑
中
15
PI183242
埃及
白
早
16
PI647070
白
早
17
PI263262
日本
白
中
18
‘MTH’
中国
绿
中
19
‘XLM’
中国
绿
中
20
‘313BYMSH’
中国
红
中
21
‘311LLZQH’
中国
红
晚
22
‘QTDHP’312
中国
红
中
23
‘XWYS’339’
中国
红
中
24
目录
摘要 1
关键词 1
Abstract 1
Key words 1
引言 1
1 材料与方法 2
1．1 材料 2
1．2 方法 3
1.2.1 基因组DNA提取 3
1.2.2 引物设计及筛选 4
1.2.3 PCR反应及扩增产物检测 4
1.2.4 数据处理及统计分析 4
2 结果与分析 4
2．1 引物筛选及条带多态性分析 4
2．2 IRAP聚类分析 7
2．3 MCID图分析 7
3 讨论 8
3．1 IRAP引物设计 8
3．2 萝卜种质遗传多样性与亲缘关系 9
3．3 萝卜MCID图分析 9
致谢 9
参考文献： 9
萝卜品种遗传多样性的IRAP分析
引言
萝卜（Raphanus sativus L.）又名莱菔，十字花科萝卜属蔬菜作物，其分布范围较广，种植历史悠久，种质资源非常丰富[1]。近年来，利用分子标记方法分析萝卜种质资源遗传多样性 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ^351916072#
的研究已经取得了较大进展，相关的分子标记手段有AFLP(amplified fragment length polymorphism)[2],SRAP(sequence—related amplified polymorphism)[3],RAPD((random amplified polymorphic DNA)[4]。为了更加深入的研究萝卜种间及种内的遗传关系，高通量的分子标记需要被发开和利用。尽管基于逆转座子的分子标记已经在很多物种中被报道，萝卜中关于IRAP相关的研究尚未见报道。
目前，分子标记的已经广泛利用于植物遗传多样性分析、遗传连锁图谱的构建[5]、系统发育研究[6]及基因表达中[7]。逆转座子在植物基因组中广泛存在，它可以在物种内或物种间表现出插入多态性，具有较高活性的逆转座子甚至能够在基因组中制造新的插入位点[8]。逆转座子遍布整个植物基因组的特性使得基于基于逆转座子开发的分子标记具有高多态性，高信息量[9]。近年来，基于逆转座子的分子标记已经成为研究植物基因表达的一类重要的技术手段，如基因定位和功能基因组学[10]。 IRAP是一类基于植物逆转座子开发的分子标记，最初是在大麦中被开发出来，检测的是逆转座子插入位点间的多态性[11]。与SSAP标记相比较而言，IRAP标记具有明显的操作简单，过程简便等优点，其只需要一个简单的PCR过程。相对于SSAP标记繁琐的酶切过程，IRAP标记只需要一个反向引物即可在植物基因组中表现出多态性[12]。
1 材料与方法
1．1 材料
来源于大学作物遗传与种质创新国家重点实验室萝卜课题组种子资源库的30个萝卜品种（表1）。
编号
品种名
来源
皮色
抽薹
1
‘RG’
中国，南通
白
早
2
‘LLYB’
中国
白
早
3
‘Sharlokhov’
哈萨克斯坦
红
早
4
PI177065
美国
白
中
5
‘Summer Top’
韩国
白
中
6
‘Late Spring Top’
韩国
白
晚
7
PI436536
危地马拉
红
早
8
PI262942
俄罗斯
红、粉红、白
中
9
PI262941
俄罗斯
红紫
中
10
PI109562
美国
红紫
中
11
PI121018
土耳其
紫
中
12
PI140428
伊朗
白
早
13
‘WXQ’
中国
绿
中
14
‘BLACK’
黑
中
15
PI183242
埃及
白
早
16
PI647070
白
早
17
PI263262
日本
白
中
18
‘MTH’
中国
绿
中
19
‘XLM’
中国
绿
中
20
‘313BYMSH’
中国
红
中
21
‘311LLZQH’
中国
红
晚
22
‘QTDHP’312
中国
红
中
23
‘XWYS’339’
中国
红
中
24
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