菊花耐涝性变异及其分子标记
本研究采用盆栽模拟淹水法和大田淹水法对100个菊花品种进行耐涝性鉴定，运用SRAP、SSR、SCoT三种分子标记技术对该群体进行关联分析以期检测与菊花耐涝性紧密关联的分子标记位点并进行优异等位变异的挖掘。两次试验共检测到19个显著关联位点，表型变异解释率范围是6.88%-16.38%，平均为10.93%。E11M23-11、SSR34-3和SSR149-7三个位点在两种方法下均能检测到，且E11M23-11在两次试验中显著性均为最大。优异等位变异分析发现SSR34-3和SSR149-7在两次试验中均增效等位变异，携带这两个位点的代表品种有‘寒小白’、‘南农雪峰’、‘QX097’、‘金莲’。本研究为菊花耐涝性杂交育种的亲本选配和分子标记辅助育种（MAS）选择提供了一定参考。
目录
摘要 1
关键词 1
Abstract 1
Keywords 1
引言 1
1 材料与方法 2
1.1材料 2
1.2 方法 2
1.2.1 大田淹水试验设计 2
1.2.2 盆栽淹水试验设计 3
1.3 数据处理和分析 3
1.3.1 大田淹水试验性状统计 3
1.3.2 盆栽淹水试验耐涝性鉴定 3
1.3.3 分子标记数据的获得 3
1.3.4 群体结构和亲缘关系分析 3
1.3.5 分子标记与耐涝性状的关联分析 4
2 结果 4
2.1 菊花耐涝性鉴定 4
2.2菊花品种群体结构和亲缘关系分析 4
2.3 与菊花耐涝性紧密关联的分子标记的确定 6
2.4 优异等位变异挖掘及亲本选拔 7
3 讨论 7
3.1 耐涝性鉴定方法 7
3.2 耐涝性与分子标记关联分析 7
3.3 优异等位位点挖掘及其在分子标记辅助育种中应用的可能性 8
致谢 8
参考文献 9
菊花耐涝性变异及其分子标记
引言
引言
【研究意义】菊花(Chrysanthemum morif *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ^351916072#
olium)原产于我国，是我国十大传统名花之一，具有非常高的观赏价值和经济价值[1][2]。菊花为浅根，喜疏松肥沃排水良好土壤，不耐涝，涝渍胁迫已经成为制约菊花产业健康发展的要因之一。菊花的耐涝性是受多基因控制、可稳定遗传的复杂数量性状，目前尚无菊花耐涝性相关遗传机制的研究。本研究的目的是明确菊花耐涝性的遗传变异，获得耐涝性强的菊花品种和与耐涝性显著相关的分子标记位点，进而为菊花杂交育种和分子标记辅助育种提供重要依据。【前人研究进展】关联分析（Association analysis），也称关联作图（Association mapping）或者连锁不平衡作图（Linkage disequilibrium mapping），其以连锁不平衡为基础，鉴定某一自然群体内目标性状与遗传标记或候选基因关系[3]。迄今，关联分析已经成功用于棉花[4]、小麦[5]、冬油菜[6]、玉米[7]等作物重要农艺性状及抗逆性相关联的分子标记及优异等位基因发掘等研究。总之，关联分析目前多集中在大作物和少数园艺作物中，在菊花中鲜有报道。AFLP、SRAP、ISSR等多种分子标记技术体系的建立及其在菊花数量性状和遗传多样性分析中的成功运用，以及多个功能明确的抗逆基因的获得，为开展菊花重要性状关联分析和优异等位基因挖掘奠定了坚实的基础。【本研究切入点】本研究拟调查日本、欧洲及中国等不同来源的100份菊花品种耐涝性的遗传变异情况，明确菊花耐涝性的遗传规律，并筛选耐涝性强的菊花品种；同时利用SRAP、SSR和SCoT三种分子标记进行群体结构和亲缘关系分析，在此基础上基于全基因组关联分析挖掘菊花耐涝性相关的分子标记或优异等位变异位点。【拟解决的关键问题】菊花耐涝性的遗传机制及其相关的分子标记是开展菊花耐涝性育种研究必须要解决的关键科学问题。本项目拟通过品种群体的变异分析初步明确菊花耐涝性的遗传规律；通过全基因组关联分析获得菊花耐涝性关联的分子标记。
1 材料与方法
1.1材料
本次菊花品种试验材料取自日本、欧洲及我国等不同来源且无直接亲缘关系的100份菊花品种，所有材料均来源于大学中国菊花种质资源保存中心，详细信息见表1。在大田淹水试验、盆栽淹水试验中均采集了2015年春季供试材料中健壮、生长一致的脚芽作为试验材料。
表1 供试的100个菊花品种
Table1 The100 chrysanthemum cultivars used in this study
序号
No.
品种
Cultivar
序号
No.
品种
Cultivar
序号
No.
品种
Cultivar
序号
No.
品种
Cultivar
1
秀幔戴花
26
马1
51
粉沙姆
76
九月黄
2
zf3
27
黑心黄(高)
52
诺亚
77
大头黄
3
上海7
28
大白托桂
53
QX142
78
希望之光
4
青心红
29
紫寒小菊
54
6306粉
79
QD035
目录
摘要 1
关键词 1
Abstract 1
Keywords 1
引言 1
1 材料与方法 2
1.1材料 2
1.2 方法 2
1.2.1 大田淹水试验设计 2
1.2.2 盆栽淹水试验设计 3
1.3 数据处理和分析 3
1.3.1 大田淹水试验性状统计 3
1.3.2 盆栽淹水试验耐涝性鉴定 3
1.3.3 分子标记数据的获得 3
1.3.4 群体结构和亲缘关系分析 3
1.3.5 分子标记与耐涝性状的关联分析 4
2 结果 4
2.1 菊花耐涝性鉴定 4
2.2菊花品种群体结构和亲缘关系分析 4
2.3 与菊花耐涝性紧密关联的分子标记的确定 6
2.4 优异等位变异挖掘及亲本选拔 7
3 讨论 7
3.1 耐涝性鉴定方法 7
3.2 耐涝性与分子标记关联分析 7
3.3 优异等位位点挖掘及其在分子标记辅助育种中应用的可能性 8
致谢 8
参考文献 9
菊花耐涝性变异及其分子标记
引言
引言
【研究意义】菊花(Chrysanthemum morif *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ^351916072#
olium)原产于我国，是我国十大传统名花之一，具有非常高的观赏价值和经济价值[1][2]。菊花为浅根，喜疏松肥沃排水良好土壤，不耐涝，涝渍胁迫已经成为制约菊花产业健康发展的要因之一。菊花的耐涝性是受多基因控制、可稳定遗传的复杂数量性状，目前尚无菊花耐涝性相关遗传机制的研究。本研究的目的是明确菊花耐涝性的遗传变异，获得耐涝性强的菊花品种和与耐涝性显著相关的分子标记位点，进而为菊花杂交育种和分子标记辅助育种提供重要依据。【前人研究进展】关联分析（Association analysis），也称关联作图（Association mapping）或者连锁不平衡作图（Linkage disequilibrium mapping），其以连锁不平衡为基础，鉴定某一自然群体内目标性状与遗传标记或候选基因关系[3]。迄今，关联分析已经成功用于棉花[4]、小麦[5]、冬油菜[6]、玉米[7]等作物重要农艺性状及抗逆性相关联的分子标记及优异等位基因发掘等研究。总之，关联分析目前多集中在大作物和少数园艺作物中，在菊花中鲜有报道。AFLP、SRAP、ISSR等多种分子标记技术体系的建立及其在菊花数量性状和遗传多样性分析中的成功运用，以及多个功能明确的抗逆基因的获得，为开展菊花重要性状关联分析和优异等位基因挖掘奠定了坚实的基础。【本研究切入点】本研究拟调查日本、欧洲及中国等不同来源的100份菊花品种耐涝性的遗传变异情况，明确菊花耐涝性的遗传规律，并筛选耐涝性强的菊花品种；同时利用SRAP、SSR和SCoT三种分子标记进行群体结构和亲缘关系分析，在此基础上基于全基因组关联分析挖掘菊花耐涝性相关的分子标记或优异等位变异位点。【拟解决的关键问题】菊花耐涝性的遗传机制及其相关的分子标记是开展菊花耐涝性育种研究必须要解决的关键科学问题。本项目拟通过品种群体的变异分析初步明确菊花耐涝性的遗传规律；通过全基因组关联分析获得菊花耐涝性关联的分子标记。
1 材料与方法
1.1材料
本次菊花品种试验材料取自日本、欧洲及我国等不同来源且无直接亲缘关系的100份菊花品种，所有材料均来源于大学中国菊花种质资源保存中心，详细信息见表1。在大田淹水试验、盆栽淹水试验中均采集了2015年春季供试材料中健壮、生长一致的脚芽作为试验材料。
表1 供试的100个菊花品种
Table1 The100 chrysanthemum cultivars used in this study
序号
No.
品种
Cultivar
序号
No.
品种
Cultivar
序号
No.
品种
Cultivar
序号
No.
品种
Cultivar
1
秀幔戴花
26
马1
51
粉沙姆
76
九月黄
2
zf3
27
黑心黄(高)
52
诺亚
77
大头黄
3
上海7
28
大白托桂
53
QX142
78
希望之光
4
青心红
29
紫寒小菊
54
6306粉
79
QD035
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