snornas及其宿主基因的表达量关系
核仁小分子RNA（small nucleolar RNA, snoRNAs）是一类负责调控核糖体RNA（rRNA）转录后成熟的短的非编码RNA（ncRNA）。根据其结构和主要功能将核仁小分子RNA分成三个家族C / D box snoRNAs（SNORD）、H / ACA box snoRNAs（SNORA）和small Cajal body-specific RNAs(SCARNA)，SNORD的主要功能为指导rRNA特定位点上的核糖残基的2-羟基基团添加甲基（2-O-甲基化），SNORA负责在rRNA的特定位点上将尿苷异构化为假尿苷（假尿苷化）,而SCARNA指导RNA聚合酶II转录剪接体RNA U1、U2、U4、U5和U12的修饰（甲基化和假尿苷化）。人源snoRNAs中，SNORD有355种，SNORA有182种，SCARNA有27种，共564种。每个snoRNAs 自己的宿主基因，在不同组织的不同细胞中，snoRNAs及其宿主基因的表达值存在差异。从GEO DateSets数据库中搜集到的13个细胞系的非编码RNA及其基因表达量的数据中筛选出snoRNAs及其宿主基因的表达量数据，对获得的数据进行Pearson和Spearman相关性分析，得到snoRNAs与其宿主基因表达量的关系。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言2
1材料与方法4
1.1实验材料 4
1.1.1实验数据采集及数据处理网址4
1.1.2数据分析软件4
1.2实验方法4
1.2.1实验步骤4
1.2.2GEO中数据测定方法4
2结果与分析5
2.1实验结果5
2.1.1snoRNAs及其宿主基因信息统计 5
2.1.2不同细胞系内基因表达量和ncRNA的表达量的统计5
2.1.3 13个细胞系内snoRNAs及其宿主基因表达量相关性分析6
2.2实验分析7
3讨论7
3.1实验意义与展望7
3.2实验收获8
致谢8
参考文献8 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ￥351916072$
图15
表16
表26
snoRNAs及其宿主基因的表达量关系
引言
引言
核仁小分子RNA（small nucleolar RNA,snoRNAs）是一类小分子非编码 RNA，代谢稳定，且多富集于核仁。典型的 snoRNAs 具有如下主要特征[1]：分子大小约为60－400 nt；具有类似核仁提取物的性质(抗盐性)；snoRNAs 分子具有多种与蛋白质相互作用的保守序列元件；需要与特定蛋白质结合形成核糖核蛋白体(ribonucleoprotein paricles, snoRNP)，并以此形式存在和行使功能。根据其结构和主要功能将核仁小分子RNA分成三个家族：C / D box snoRNAs（SNORD）、H / ACA box snoRNAs（SNORA）和small Cajal bodyspecific RNAs(SCARNA)，SNORD的主要功能为指导rRNA特定位点上的核糖残基的2羟基基团添加甲基（2O甲基化），SNORA负责在rRNA的特定位点上将尿苷异构化为假尿苷（假尿苷化）[2],而SCARNA指导RNA聚合酶II转录剪接体RNA U1、U2、U4、U5和U12的修饰（甲基化和假尿苷化）[3]。snoRNAs指导的核苷酸修饰是非常保守的，在古生菌和真核生物中都存在[4]。
结构较为保守的SNORD在上个世纪八十年代后期被鉴定出来[5]，SNORD含有C盒（RUGAUGA，R代表嘌呤）和D盒（CUGA），通常以双份（C盒和D盒）形式存在，两个与RNA靶标杂交的反义框，SNORD碱基对的5和3末端形成最终的SNORD核糖核蛋白复合物中的茎[6]。SNORDs通过与snoRNP前体中的蛋白质结合而避免降解，其中茎末端形成双链RNA茎，其保护免受外切核酸酶影响。蛋白质组学研究破译了人类U3 snoRNAs的snoRNP组装途径[7]，由RUVBL1和RUVBL2（具有DNA依赖性ATP酶和DNA解旋酶活性并且属于与不同细胞活性（AAA +）蛋白质家族相关的ATP酶的蛋白质）两个亚基组成的六复合体加上PIH1D1（与Hsp90相互作用的蛋白质）和RPAP3（与Hsp90相关的含TPR蛋白质）组成R2TP复合体，像分子伴侣一样起作用，允许在蛋白质和snoRNAs之间形成复合物。然后再与ATP、NHP2L1（一种小核核糖核蛋白）、NUFIP（含有C2H2锌指基元和核定位信号的核RNA结合蛋白）、ZNHIT3（HIT型锌指蛋白）以及NOP58（一种核糖核蛋白）结合，释放出PIH1D1和RPAP3。这种蛋白质复合物与SNORD和甲基转移酶结合，除去ZNHIT3。 在进一步的成熟步骤中，另一分子的甲基转移酶以及NOP56（一种核糖核蛋白）进入复合物，除去衔接子ZNHIT6（HIT型锌指蛋白）和NUFIP（GATA锌指蛋白），RUVBL1 / 2的卸载导致进一步的重排并产生最终的SNORD复合物（SNORNP）。SNORNP由两个分子NHP2L1和SNORD相互作用形成的RNA扭结结合，一个NOP56和NOP58分子桥接这些结构和两个纤维蛋白分子。这样反义框识别靶RNA中的序列，D或D盒上游的第五个核苷酸被甲基化纤维蛋白 2O甲基化[8]，其被正确定位在复合物中。
SNORA的二级结构有被称为“发夹铰链发尾巴”的标志性二级结构[9]，其包括与单链区域（铰链）和3末端区域（尾部）连接的两个发夹结构域，其中包含被称为假尿苷化口袋的区域，其中发生底物RNA上的目标尿苷残基的异构化。正如名称所暗示的，SNORA由两个保守的盒基序，盒H基序（ANANNA,N代表任何碱基）和ACA三联体组成。盒子H和ACA三联体分别位于铰链和尾巴区域的发夹附近。事实上，H盒基序代表H / ACA snoRNP相关蛋白的蛋白质识别信号，并且是SNORA稳定性以及功能活性H / ACA snoRNP复合物的生物合成所必需的，SNORA 3末端上游的ACA三联体是SNORA稳定性所必需的。由假尿苷合酶dyskerin（H / ACA snoRNP复合体内负责将尿苷转化为假尿苷的酶）和其他的核心蛋白，包括NOP10（snoRNP复合蛋白）、NHP2（一种核糖核蛋白，与snoRNAs结合）和GAR1，（H / ACA snoRNP假尿苷酰基亚单位）以及 H / ACA snoRNAs的小型ncRNA组成的高度保守的snoRNP复合物在rRNA上的特定位点引导假尿苷的修饰[10]。在每个真核生物的核糖体上，分别有大约 50 － 100 个的 2O 核糖甲基化和假尿嘧啶化的修饰位点。这些修饰位点都位于成熟核糖体中最保守的重要功能区，特别是肽基转移酶中心和大小亚基结合部位。
目录
摘要1
关键词1
Abstract1
Key words1
引言2
1材料与方法4
1.1实验材料 4
1.1.1实验数据采集及数据处理网址4
1.1.2数据分析软件4
1.2实验方法4
1.2.1实验步骤4
1.2.2GEO中数据测定方法4
2结果与分析5
2.1实验结果5
2.1.1snoRNAs及其宿主基因信息统计 5
2.1.2不同细胞系内基因表达量和ncRNA的表达量的统计5
2.1.3 13个细胞系内snoRNAs及其宿主基因表达量相关性分析6
2.2实验分析7
3讨论7
3.1实验意义与展望7
3.2实验收获8
致谢8
参考文献8 *好棒文|www.hbsrm.com +Q: ￥351916072$
图15
表16
表26
snoRNAs及其宿主基因的表达量关系
引言
引言
核仁小分子RNA（small nucleolar RNA,snoRNAs）是一类小分子非编码 RNA，代谢稳定，且多富集于核仁。典型的 snoRNAs 具有如下主要特征[1]：分子大小约为60－400 nt；具有类似核仁提取物的性质(抗盐性)；snoRNAs 分子具有多种与蛋白质相互作用的保守序列元件；需要与特定蛋白质结合形成核糖核蛋白体(ribonucleoprotein paricles, snoRNP)，并以此形式存在和行使功能。根据其结构和主要功能将核仁小分子RNA分成三个家族：C / D box snoRNAs（SNORD）、H / ACA box snoRNAs（SNORA）和small Cajal bodyspecific RNAs(SCARNA)，SNORD的主要功能为指导rRNA特定位点上的核糖残基的2羟基基团添加甲基（2O甲基化），SNORA负责在rRNA的特定位点上将尿苷异构化为假尿苷（假尿苷化）[2],而SCARNA指导RNA聚合酶II转录剪接体RNA U1、U2、U4、U5和U12的修饰（甲基化和假尿苷化）[3]。snoRNAs指导的核苷酸修饰是非常保守的，在古生菌和真核生物中都存在[4]。
结构较为保守的SNORD在上个世纪八十年代后期被鉴定出来[5]，SNORD含有C盒（RUGAUGA，R代表嘌呤）和D盒（CUGA），通常以双份（C盒和D盒）形式存在，两个与RNA靶标杂交的反义框，SNORD碱基对的5和3末端形成最终的SNORD核糖核蛋白复合物中的茎[6]。SNORDs通过与snoRNP前体中的蛋白质结合而避免降解，其中茎末端形成双链RNA茎，其保护免受外切核酸酶影响。蛋白质组学研究破译了人类U3 snoRNAs的snoRNP组装途径[7]，由RUVBL1和RUVBL2（具有DNA依赖性ATP酶和DNA解旋酶活性并且属于与不同细胞活性（AAA +）蛋白质家族相关的ATP酶的蛋白质）两个亚基组成的六复合体加上PIH1D1（与Hsp90相互作用的蛋白质）和RPAP3（与Hsp90相关的含TPR蛋白质）组成R2TP复合体，像分子伴侣一样起作用，允许在蛋白质和snoRNAs之间形成复合物。然后再与ATP、NHP2L1（一种小核核糖核蛋白）、NUFIP（含有C2H2锌指基元和核定位信号的核RNA结合蛋白）、ZNHIT3（HIT型锌指蛋白）以及NOP58（一种核糖核蛋白）结合，释放出PIH1D1和RPAP3。这种蛋白质复合物与SNORD和甲基转移酶结合，除去ZNHIT3。 在进一步的成熟步骤中，另一分子的甲基转移酶以及NOP56（一种核糖核蛋白）进入复合物，除去衔接子ZNHIT6（HIT型锌指蛋白）和NUFIP（GATA锌指蛋白），RUVBL1 / 2的卸载导致进一步的重排并产生最终的SNORD复合物（SNORNP）。SNORNP由两个分子NHP2L1和SNORD相互作用形成的RNA扭结结合，一个NOP56和NOP58分子桥接这些结构和两个纤维蛋白分子。这样反义框识别靶RNA中的序列，D或D盒上游的第五个核苷酸被甲基化纤维蛋白 2O甲基化[8]，其被正确定位在复合物中。
SNORA的二级结构有被称为“发夹铰链发尾巴”的标志性二级结构[9]，其包括与单链区域（铰链）和3末端区域（尾部）连接的两个发夹结构域，其中包含被称为假尿苷化口袋的区域，其中发生底物RNA上的目标尿苷残基的异构化。正如名称所暗示的，SNORA由两个保守的盒基序，盒H基序（ANANNA,N代表任何碱基）和ACA三联体组成。盒子H和ACA三联体分别位于铰链和尾巴区域的发夹附近。事实上，H盒基序代表H / ACA snoRNP相关蛋白的蛋白质识别信号，并且是SNORA稳定性以及功能活性H / ACA snoRNP复合物的生物合成所必需的，SNORA 3末端上游的ACA三联体是SNORA稳定性所必需的。由假尿苷合酶dyskerin（H / ACA snoRNP复合体内负责将尿苷转化为假尿苷的酶）和其他的核心蛋白，包括NOP10（snoRNP复合蛋白）、NHP2（一种核糖核蛋白，与snoRNAs结合）和GAR1，（H / ACA snoRNP假尿苷酰基亚单位）以及 H / ACA snoRNAs的小型ncRNA组成的高度保守的snoRNP复合物在rRNA上的特定位点引导假尿苷的修饰[10]。在每个真核生物的核糖体上，分别有大约 50 － 100 个的 2O 核糖甲基化和假尿嘧啶化的修饰位点。这些修饰位点都位于成熟核糖体中最保守的重要功能区，特别是肽基转移酶中心和大小亚基结合部位。
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