平胸总目的系统发生分析分区策略和灭绝类群对拓扑结构的影响
：平胸总目鸟类又称“不飞鸟”，是今鸟亚纲中的原始类群。分子系统发生研究已经证明?形目属于平胸总目，然而至今该总目内部关系尚未彻底解析。本文运用现存和部分灭绝平胸鸟的线粒体与核蛋白序列构建超矩阵，侧重检验分区策略和灭绝类群取样对系统发生关系的影响。结果表明，（恐鸟目+?形目）和（无翼鸟目+鹤鸵目）这两组姊妹群在多组分析间均显著成立；取样类群增加和分区策略运用可帮助解析鸵鸟目位置；上述两种变化对美洲鸵目位置的解析有显著影响。据此推断美洲鸵目是解析整个平胸总目系统发生关系的关键，而平胸鸟演化早期的快速分歧导致其内部关系难以明晰。建议在合理取样和适当分区策略运用下增加分子标记，以最终解析该系统发生问题。
目录
摘要1
关键词1
ABSTRACT1
KEY WORDS1
绪 论 1
1. 平胸总目鸟类概况 1
2. 平胸总目鸟类系统发生关系研究进展 2
3. 系统发生谱系的构建 3
1.实验材料与方法 4
1.1 分子数据的获取 4
1.2 序列的同源比对 4
1.3 基因数据饱和度检测 4
1.4 序列的拼接和数据集的生成 4
1.5 系统发生分析 5
1.5.1 分区贝叶斯推断 5
1.5.2 最大似然法分析 5
2.结果与分析 6
2.1 同源比对的基本结果统计 6
2.2平胸总目鸟类系统发生分析结果 7
2.2.1 不含灭绝类数据集的ML结果 7
2.2.2 包含一个灭绝类群数据集的ML结果 8
2.2.3 包含三个灭绝类群数据集的ML和BI结果 9
3.讨论 10
3.1 关于平胸鸟内部的目级阶元单系性问题的讨论 10
3.2 关于平胸鸟的目级分类阶元间关系的讨论 11
3.2.1 较为稳固的类群关系 11
3.2.2 趋向稳定的类群关系 12
3.2.3 反复波动的类群关系 12
3.3 取样、分区对平胸鸟目间关系解析的影响的讨论和未来展望 12<
*好棒文|www.hbsrm.com +Q: ^351916072*
br /> 致谢 13
参考文献 13
附录1 15
附录2 15
平胸总目的系统发生分析
——分区策略和灭绝类群对拓扑结构的影响
目录
引言
基于基因的分区脚本：
charset 12S = 11026;
charset 16S = 10272691;
charset ATP6 = 26923372;
charset ATP8 = 33733537;
charset COX1 = 35385088;
charset COX2 = 50895772;
charset COX3 = 57736552;
charset CYTB = 65537689;
charset ND1 = 76908664;
charset ND2 = 86659705;
charset ND3 = 970610056;
charset ND4 = 1005711430;
charset ND4L = 1143111724;
charset ND5 = 1172513542;
charset ND6 = 1354314079;
charset BACH1 = 1408014931;
charset BMP2 = 1493215564;
charset CMOS = 1556516551;
charset DNAH3 = 1655217265;
charset IRBP = 1726619233;
charset NT3 = 1923419884;
charset PNN = 1988521072;
charset PTPN = 2107321954;
charset RAG2 = 2195523400;
charset TRAF6 = 2340123928
partition Names = 25:12S,16S,ATP6,ATP8,COX1,COX2,COX3,CYTB,ND1,ND2,ND3,ND4,
ND4L,ND5,ND6,BACH1,BMP2,CMOS,DNAH3,IRBP,NT3,PNN,PTPN,RAG2,TRAF6;
set partition=Names;
基于密码子的分区脚本：
charset 12S = 11026;
charset 16S = 10272691;
charset ATP6 = 26923372;
charset ATP6_1st = 269233723;
charset ATP6_2nd = 269333723;
charset ATP6_3rd = 269433723;
charset ATP8 = 33733537;
charset ATP8_1st = 337335373;
charset ATP8_2nd = 337435373;
charset ATP8_3rd = 337535373;
charset COX1 = 35385088;
charset COX1_1st = 353850883;
charset COX1_2nd = 353950883;
charset COX1_3rd = 354050883;
charset COX2 = 50895772;
charset COX2_1st = 508957723;
charset COX2_2nd = 509057723;
charset COX2_3rd = 509157723;
charset COX3 = 57736552;
charset COX3_1st = 577365523;
charset COX3_2nd = 577465523;
目录
摘要1
关键词1
ABSTRACT1
KEY WORDS1
绪 论 1
1. 平胸总目鸟类概况 1
2. 平胸总目鸟类系统发生关系研究进展 2
3. 系统发生谱系的构建 3
1.实验材料与方法 4
1.1 分子数据的获取 4
1.2 序列的同源比对 4
1.3 基因数据饱和度检测 4
1.4 序列的拼接和数据集的生成 4
1.5 系统发生分析 5
1.5.1 分区贝叶斯推断 5
1.5.2 最大似然法分析 5
2.结果与分析 6
2.1 同源比对的基本结果统计 6
2.2平胸总目鸟类系统发生分析结果 7
2.2.1 不含灭绝类数据集的ML结果 7
2.2.2 包含一个灭绝类群数据集的ML结果 8
2.2.3 包含三个灭绝类群数据集的ML和BI结果 9
3.讨论 10
3.1 关于平胸鸟内部的目级阶元单系性问题的讨论 10
3.2 关于平胸鸟的目级分类阶元间关系的讨论 11
3.2.1 较为稳固的类群关系 11
3.2.2 趋向稳定的类群关系 12
3.2.3 反复波动的类群关系 12
3.3 取样、分区对平胸鸟目间关系解析的影响的讨论和未来展望 12<
*好棒文|www.hbsrm.com +Q: ^351916072*
br /> 致谢 13
参考文献 13
附录1 15
附录2 15
平胸总目的系统发生分析
——分区策略和灭绝类群对拓扑结构的影响
目录
引言
基于基因的分区脚本：
charset 12S = 11026;
charset 16S = 10272691;
charset ATP6 = 26923372;
charset ATP8 = 33733537;
charset COX1 = 35385088;
charset COX2 = 50895772;
charset COX3 = 57736552;
charset CYTB = 65537689;
charset ND1 = 76908664;
charset ND2 = 86659705;
charset ND3 = 970610056;
charset ND4 = 1005711430;
charset ND4L = 1143111724;
charset ND5 = 1172513542;
charset ND6 = 1354314079;
charset BACH1 = 1408014931;
charset BMP2 = 1493215564;
charset CMOS = 1556516551;
charset DNAH3 = 1655217265;
charset IRBP = 1726619233;
charset NT3 = 1923419884;
charset PNN = 1988521072;
charset PTPN = 2107321954;
charset RAG2 = 2195523400;
charset TRAF6 = 2340123928
partition Names = 25:12S,16S,ATP6,ATP8,COX1,COX2,COX3,CYTB,ND1,ND2,ND3,ND4,
ND4L,ND5,ND6,BACH1,BMP2,CMOS,DNAH3,IRBP,NT3,PNN,PTPN,RAG2,TRAF6;
set partition=Names;
基于密码子的分区脚本：
charset 12S = 11026;
charset 16S = 10272691;
charset ATP6 = 26923372;
charset ATP6_1st = 269233723;
charset ATP6_2nd = 269333723;
charset ATP6_3rd = 269433723;
charset ATP8 = 33733537;
charset ATP8_1st = 337335373;
charset ATP8_2nd = 337435373;
charset ATP8_3rd = 337535373;
charset COX1 = 35385088;
charset COX1_1st = 353850883;
charset COX1_2nd = 353950883;
charset COX1_3rd = 354050883;
charset COX2 = 50895772;
charset COX2_1st = 508957723;
charset COX2_2nd = 509057723;
charset COX2_3rd = 509157723;
charset COX3 = 57736552;
charset COX3_1st = 577365523;
charset COX3_2nd = 577465523;
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